Περαιτέρω, οι παίκτες θα έχουν την δυνατότητα να ξεκλειδώσουν και να αντιμετωπίσουν συναρπαστικά boss batles, τα οποία θα προκαλέσουν την εφευρετικότητα και τα αντανακλαστικά τους.
Στα χαρακτηριστικά-κλειδιά του παιχνιδιού προστίθενται οι ταχείς ρυθμοί δράσης, σχεδιασμένοι ώστε να τεστάρουν τα αντανακλαστικά των παικτών στο έπακρο. Στο Ninja Tag Team ξεχωρίζει ο σημαντικός βαθμός δυσκολίας του, καθώς το παραμικρό λάθος ισοδυναμεί με instant death
Κάθε πίστα δημιουργείται εξ’ ολοκλήρου μέσα από μηχανισμό procedural generaton, που εγγυάται ότι ποτέ δύο διαφορετικά playthroughs δεν θα είναι τα ίδια, με τα χάσματα, τα νομίσματα και τους εχθρούς να τοποθετούνται σε παντελώς τυχαίες θέσεις κάθε φορά.
Πέρα από το core endless running gameplay ωστόσο, το Ninja Tag Team προσφέρει επιπλέον το κίνητρο της ανοικοδόμησης του Clan σας, το οποίο σύμφωνα με το lore του παιχνιδιού ισοπεδώθηκε από τους Tokui-ten Clan Generals (τους οποίους θα κληθείτε να αντιμετωπίσετε έναν-προς-έναν σε μοναδικά boss batles, που σίγουρα λειτουργούν ως highlight του παιχνιδιού)
